La storia di Pigna come nucleo abitato accentrato, ha inizio tra il XII ed il XIII secolo, con la costruzione del castello dei Conti di Ventimiglia, in una posizione particolarmente importante come punto di passaggio per la strada Ventimiglia -Triora, e sull'importante asse viario, (Sanremo - Baiardo - Castelvittorio - Pigna - Saorge) che collegava la costa con l'entroterra Piemontese e Nizzardo.

Sul territorio di Pigna sono state trovate tracce della presenza umana fino dall'epoca preistorica, in età romana la popolazione di Pigna faceva parte di un pago del municipio di Albintimilium (Ventimiglia).
Il M. Toraggio che domina la conca di Pigna e forse riflette un pre-romano Turrabulum, dimostrano l'antichità dell'habitat stanziale nel territorio di Pigna. Presso la chiesa Benedettina di S. Tommaso, sorgeva un abitato romano o alto medievale, certamente anteriore alla costruzione del castello.

Più a monte, sulla direttrice Pigna - Castelvittorio, si incontra l'antica chiesa di S. Maria di Nogareto l'unica pieve paleocristiana dell'Alta val Nervia.

Essa sorge presso una sorgente di acque termali, che ha dato il nome al lago sottostante,Lago Pigo: lacus putidus.

Un altro piccolo presidio sorgeva in località Argeleu, dove si conservano i resti di un castello.

L'abitato di Pigna, nella sua parte più antica, riflette la struttura del castello feudale: un'ampia cerchia di mura che comprendeva nel suo circuito il castello comitale (l'attuale piazza Castello: in la Cola) e le case dei consortes all'intorno, mentre lo spazio vuoto rimanente, fino ai piedi del castello presso il torrente Nervia (l'attuale Pecaster), serviva da rifugio agli abitanti delle campagne durante le incursioni nemiche.

Nel XIII sec. Pigna passa sotto i conti di Provenza, la popolazione di consorti, militi e contadini si organizza in comune.

Nel XIII secolo il comune, stipula convenzioni con quelli limitrofi, (Castelvittorio, Triora , Apricale, Dolceacqua, Saorge e Briga),per le aree silvo-pastorali indivise.

Tra la metà del XIII secolo e quella del XIV l'alta val Nervia fu travagliata da lotte cruente; la contesa tra guelfi e ghibellini rifletteva il conflitto, più ampio, tra il regno di Provenza e la repubblica di Genova.

Pigna guelfa soffrì particolarmente, finché nel 1365 una pace firmata presso il ponte di lago Pigo pose fine alle ostilità.

Nel 1388 il governatore di Provenza, cede queste terre ad Amedeo VII conte di Savoia: un documento del 1388, conservato nell'archivio comunale, riporta il rilevamento dei beni pubblici e della popolazione, fatto dagli inviati del nuovo signore.

Risalgono al Medioevo cinque luoghi di culto del territorio di Pigna: la chiesa monasteriale di S. Tommaso, fondata nel XII secolo dai benedettini lerinensi e probabile filiazione di S. Michele di Ventimiglia - la chiesa parrocchiale di S. Michele - dove è collocato il grandioso Polittico di G. Canavesio (1500) - il Santuario della Madonna del Passoscio, la cappella rurale di San Lorenzo e la chiesa di S. Bernardo, dove è visibile l'importante ciclo di Affreschi di G. Canavesio (1482).